PET的采集方式可分为：空白扫描（Blank Scanning）、透射扫描（Transmission Scanning）和发射扫描（Emission Scanning）。发射扫描根据不同的目的和方法又可分为动态和静态采集、局部和全身采集、门控和非门控采集、2D和3D采集。

一、空白扫描（Blank Scanning） 
   PET扫描空白扫描是当扫描视野内只有空气介质时，用扫描仪内配备的外源性棒源来进行的一种信号采集方式。它是每天必须做的一项质控项目。扫描时，机械手从铅屏蔽容器内抓取出⁶⁸Ge棒源，并围绕中心旋转，使各探测器均匀地接受辐射光子对。空白扫描的目的之一是监测探测器的性能，其二是与透射扫描一起用于计算衰减校正系数。

二、透射扫描（Transmission Scanning） 
    当人体位于扫描视野内时，外源性棒源(Link PET组成)环绕人体进行旋转，扫描仪对其发出的、并穿透过人体的光子对进行采集，叫透射扫描。它与空白扫描不同的是空白扫描视野中无病人。空白扫描与透射扫描相结合用于计算人体各部分组织的衰减校正系数，用于补偿发射光子对在穿越机体时被机体组织所吸收的部分，即进行衰减校正，使PET最后的显像结果能真实反映正电子显像剂在体内的分布。

三、发射扫描（Emission Scanning）
PET扫描仪对正电子显像剂注入机体后产生湮没辐射所发出的γ光子对进行采集，叫发射扫描。发射扫描有几种不同的数据采集方式：
1、静态及动态采集
静态采集：当显像剂在体内代谢达稳定后进行的断层采集方式，是一种最常用的采集方式，采集时间较长。
动态采集：指对身体某一局部在一定时间内按设定好的时间间隔进行连续不断的断层采集，以显示正电子显像剂在某一局部的动态分布过程，这主要用于绝对定量及曲线分析。
2、局部及全身采集：
局部采集：对身体某一局部或某个脏器等有限范围进行的断层采集方式，叫局部采集，如胸部采集、脑部采集。
全身采集：对全身进行的一种断层采集方式，需依次进行多个相邻床位的静态采集来完成，然后用重新切层方法使其相互衔接成一个任意长度的二维或三维全景图像。
3、门控和非门控采集
门控采集：门控采集本质上是一种周期性重复的动态采集。它利用脏器运动的周期性特点，将采集与运动周期同步，是一种消除脏器运动所产生模糊效应而采用的方式。如心肌门控采集，它是利用心电图的“R”波做为触发起点，将一个心动周期分为若干个时间段进行采集，并通过较长时间不断采集累加各个时间段的信息，然后通过图像重建显示在综合心动周期内心肌室壁运动的改变情况。心肌门控采集主要用于观察患者的室壁运动以诊断冠心病。
非门控采集：针对门控采集而言，其他采集方式为非门控采集。
4、2D和3D采集
2D采集：是当隔板（septa）位于扫描视野内进行的断层采集方式。隔板将扫描视野分成多个切层层面，在隔板的屏蔽作用下，探测器只探测到同一切层及相邻切层的符合γ光子对，远隔切层的入射光子由于入射角大而被屏蔽在外。2D采集的散射及随机符合事件明显低于3D采集，图像分辨率高。
3D采集：是当隔板撤出扫描视野时进行的断层采集方式。由于去除了隔板的屏蔽作用，探测器可探测到多个层面的交叉符合光子对，因而射线的探测灵敏度明显增高，但是散射符合也明显增多,图像分辨率高(2D和3D的差别如下图)。目前一般用于脑显像。当注射的显像剂活度偏高时，会导致灵敏度和图像质量的降低。